Aussitôt après le Pavillon de la Grâce, nous arrivons dans les ruines de l'église abbatiale dédiée à saint Pierre.

Elle succède à plusieurs basiliques : celle de notre fondateur saint Wandrille (7^ème siècle) reconstruite par saint Anségise à l'époque carolingienne et détruite par les Vikings en 852, celle de Maynard (960), celle de Gérard et Gradulphe (12^ème siècle) qu'un incendie ravagea en 1247. Pierre Mauviel, mort en 1254 et ses successeurs édifièrent une nouvelle église.

Dans la nef, la muraille Nord subsiste jusqu'à hauteur de la galerie voisine du cloître. On aperçoit le départ des fenêtres, dont la partie inférieure était aveugle, mais dont le haut était garni de vitraux. Du 14^ème siècle datent les douze bases d'où s'élevaient les piliers de la grande nef, comportant chacun douze colonnettes. En haut du collatéral de gauche, une porte fait communiquer la nef avec le cloître.