1636		L'abbaye voisine de Jumièges envoie quelques moines à Saint-Wandrille pour y introduire la réforme de la congrégation bénédictine de Saint-Maur.
1647		L'église réparée est rendue au culte.
1668		Achèvement des travaux de reconstruction du bâtiment Ouest.
1671-1683		Démolition du dortoir et du chapitre anciens, et constructions du bâtiment Est abritant la sacristie, la salle capitulaire, le dortoir et la bibliothèque.
1680		Construction du mur de clôture, sur le coteau de Saint-Saturnin.
1699		Construction de nouveaux ateliers et communs, dans le prolongement de la grange du 12ème siècle.
1755-1758		Edification des deux Pavillons de la Grâce et de la Nature et de la Porte de Jarente.
1757-1759		Démolition de l'ancien logis abbatial, à l'emplacement de l'église actuelle.
1781-1783		Reconstruction de l'escalier du bâtiment Est par le prieur dom Daspres.
1790		Les Ordres religieux sont supprimés.